Wie bei jeder anderen Medizin kommt es auch bei Augentropfen auf die richtige Einnahme an, damit sie ihre Wirkung optimal entfalten können. 
Da das Auge empfindlich gegen Keime ist, müssen vor Anwendung der Medizin die Hände gründlich gewaschen werden. Durch Anwärmen des Fläschchens in der Hand können Augenreizungen durch zu kalte Tropfen vermieden werden. Danach sollten die Augentropfen am besten vor einem Spiegel mit leicht nach hinten geneigtem Kopf eingeträufelt werden. Man zieht dazu den unteren Lidrand nach unten und lässt einen Tropfen in die Ausbuchtung des Lides fallen. Um weiteren Infektionen vorzubeugen, sollte das Fläschchen das Auge dabei aber nicht berühren.
Im Anschluss sollten die Augen für zwei bis drei Minuten geschlossen werden, ohne sie zuzukneifen. Bei geschlossenen Lidern fließen die Tropfen langsamer ab und können so besser wirken. Allgemein sind Augentropfen nach dem Anbruch nur noch etwa vier bis sechs Wochen lang haltbar. Sind danach noch Reste vorhanden, sollten diese auf keinen Fall weiter verwendet werden, sonst droht Infektionsgefahr. Als Erinnerungsstütze notiert man sich am besten das Datum des Anbruchtages auf dem Etikett des Fläschchens.